ענף הנינג'ה עוסק בפיתוח יכולות גופניות כמו חיזוק השרירים והגמשתם, סיבולת לב ריאה, כוח וקואורדינציה, במקביל לפיתוח יכולות חברתיות ואישיות כמו משמעת, כבוד הדדי, שיפור הריכוז וחיזוק הביטחון העצמי. בשיעורים נתאמן על מתקן נינג'ה מקורי של נינג'ה ישראל